May 03 2012

用正则表达式识别数据库IDs/Accession Numbers

生物数据库多如牛毛，而不同的数据库可能采用各异的 ID/Accession Number （以下简称 ID/ACC）来标识里面的记录，免不了眼花缭乱~

所以，试着用正则表达式来表达这些 ID/ACCs，目标是每一个数据库可以拥有独特的、只匹配相应数据库 ID/ACCs 的正则表达式~ (假设每一行的内容对应一个ID/ACC)

ArrayExpress: ^[AE]-[A-Z]{4}-\d+$ (eg: E-TABM-518, A-AFFY-5)
BioSample: ^SAMEG?\d{6}$ (eg: SAME058933, SAMEG038449) 阅读全文 »

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Mar 19 2012

《精通法式烹饪艺术》—— 葡萄酒

这篇文章翻译的是 Simone Beck, Louisette Bertholle 和 Julia Child 合著的《Mastering the Art of French Cooking》（MAoFC, 1961年版）之葡萄酒部分。

距离上一次翻译刀法部分已过了大半年… So little time, so much to do… 以后的翻译进度可能会继续缓慢…

说到葡萄酒，大概有许多人喜欢，诸如“每天一杯葡萄酒好处多多”的说法也是很流行的~ 对于葡萄酒，我们很多人都是门外汉，本书的这一部分向我们传授了葡萄酒的若干基础知识，重点讲述法国葡萄酒与食物的搭配。
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Feb 24 2012

寻找PDB数据库中只存在单个位点差异的蛋白质组合

BioStar 上面有一个问题：“How to return all pdb ids to a given one that differ only by one amino acid?”

问题即：给定一条蛋白质序列，从 PDB 数据库含有的蛋白质中找出所有与其只存在单个位点差异的序列。再推广，即找出只存在单个位点差异的所有蛋白质组合。

nsaunders 在其博客中给出了详细的解决方案，跟随其步骤，实践一下。

1. 从 NCBI 获取 PDB 数据库中的蛋白质序列（FASTA 格式）

下载、解压

$ wget ftp://ftp.ncbi.gov/blast/db/FASTA/pdbaa.gz
$ gunzip pdbaa.gz

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Jan 04 2012

Jessie下厨房合集@2011

过去的一年，用四个字概括 —— 悲喜交加。

Anyway, past 即历史。Time is something we will never get back.

收获无几，厨艺倒可能有所提高。

2011年偶下厨房的不完全合集如下：(2p)

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Dec 23 2011

Kindle 4 使用体验

上一次买Kindle 3的时候（$139），爱不释手，可惜没用上一个月就在搬家的过程中连同皮套、包装盒、数据线和说明书等一起消失了…  心痛之余，也木有他法。听闻另一位师兄要从米国回来，便拜托其带个Kindle 4。选择最便宜的非触摸屏广告版，$79，折合人民币￥500。

因为用过K3，所以新拿到K4使用起来亦熟门熟路，开箱、注册。同K3相比，亦发现了若干处不同~

K4去掉了K3的键盘，只保留5个按键，按键两旁的空白处适合手持；开关键由滑动键变成按键；机身更轻、更小。我的手比较小，但依然可以用一只手握住两侧~

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